タイムシートのビューでタイムシートを入力してください。カメラワークの設定はありませんので、重ねるとずれる素材などもあると思いますが気にせず入力してください。タップ位置の修正は After Effects にデータを持ち込んだ後で行います。入力が終わったら、ファイル・コマンド内のレイヤー毎の動画を AVI に保存...コマンドを実行します。これはタイムシート入力した Aセル, Bセル 等セル名毎の avi ファイルを作成して出力するコマンドです。
このコマンドを実行すると保存するフォルダを選択した後にビデオの圧縮 ダイアログが表示されます。詳しくは、ビデオの圧縮をお読みください。
出力された avi ファイルを QuickTime 形式の mov ファイルに変換する方法については、ビデオの変換をお読みください。
出力された A.avi, B.avi （又はさらに変換した A.mov, B.mov）等のセル名毎の動画ファイルをAfter Effects のタイムラインに読み込めば良いわけです。既にタイミングはタイムシート通りになっています。 avi 自体も 24 fps で出力していますが、念のため After Effects でも 24fps のタイムラインになっているか確認してください。