Adobe After Effects へ出力エフェクト

出力方法１か出力方法２で After Effects に仕上げ済み動画を取り込んだ後、実線や色トレス線の境界がギザギザなのでこれらを滑らかにする必要があります。
色々な企業や個人が After Effects 用のプラグインを配布しています。ネットを検索すれば、アニメ専用の実線や色トレス線の境界を滑らかにするプラグインが複数見つかると思います。
そういったプラグインを使って、撮影時に滑らかな線や色の境界にするのが、アニメ業界でやってる方法です。

目の Hi や天使の輪を光らせたり、髪の毛にグラデーションを付けたり、頬っぺたをブラーにしたり、今の業界でキャラのセルによく使うエフェクト処理は、ほとんど After Effects を使用して実現しています。

それ以外にもアニメ特有のエフェクトを After Effects プラグインとして配布しているアニメ企業もありますので、ネットを検索してみてください。

これらのプラグインは特定のセル上の色を選択してその色範囲に対してエフェクト処理を行うようなものが多いので、AniLaPaint 出力時には中間色が一切ないギザギザな境界の絵である必要があるのです。