冒険のはじまり.zip ファイル内のデータで試した場合もそうなりますか？
今当方で試したところ問題がありませんでしたので、何か操作手順に手違いなどがあるかもしれません。
インポートの仕方は、メインウィンドウが開いたら、
「カット(C)」メニュー内の 「新規作成(N)…」 で
https://anilasoft.jp/help/anilapaint-1-5/import/new/index.htm
この画面を出します。ここで、「参照」ボタンを押して、何もファイルのない新規のフォルダーを指定します。
「次へ(N)>」 ボタンで進んでいき、もろもろのインポート設定を行います。「ヘルプ(H)」ボタンを押せばそれぞれのページの設定方法が表示されます。
https://anilasoft.jp/help/anilapaint-1-5/import/index.htm#digitalize
途中２値化の設定は、サンプルデータの 冒険の始まり.zip の場合、解凍した \冒険の始まり\Files\Import フォルダー内の 階調線(細め).anila_import を読み込むことで設定可能です。
自分のスキャナーでスキャンしたデータであれば、いろいろとパラメータを変更する必要があります。
https://anilasoft.jp/help/anilapaint-1-5/import/index.htm#last
このインポート設定最後の画面で「完了」ボタンを押すとインポートが開始されます。
https://anilasoft.jp/help/anilapaint-1-5/import/msg/index.htm
インポート処理中のダイアログが出てスキャン画像が２値化されていきます。インポート処理中にエラーが発生したら、エラー一覧のテキストのメモ帳が開きます。問題なければ、すべての CPU の処理が終了したことが表示され、下の方のボタンが「閉じる(C)」 になります。
「閉じる(C)」ボタンを押すと、今インポートしたフォルダーをカット・パネルで開きます。
「指定されたフォルダーにはAniLaPaint画像ファイルがありません」
このメッセージが出るとしたらこの時です。通常は、上記の処理中のダイアログでエラーが出ていないのであれば、処理によって AniLaPaint 画像が作られたばかりなので、このようなエラーが出ることはありません。それでももし出るのだとしたら、インポートは正常に終了されて AniLaPaint 画像として出力されたのだけど、その直後、今出力したばかりのカットを開こうとする直前に何らかの理由（セキュリティー的に書き込めないディスクに書き込んでいたためOSが消したなどで）で今インポートした画像が消えてしまった。あるいは、 AniLaPaint からはアクセスできないフォルダーにインポートしていた。たまたま、インポート中のプログラムはそのフォルダーにアクセスでき出力もできたが、カット・パネルのフォルダーからはアクセスできなかったなど…。さまざまな理由が考えられます。
エクスプローラーからは、インポートした AniLaPaint 画像ファイルが見れるのでしょうか？カットフォルダー内の Paint フォルダー内に彩色画像が、 Line フォルダー内の実線画像が作成されているはずです。
インポートするドライブを変えてみてチャレンジしてみるのも手です。
ネットワークドライブとかは、インポート先に選ばないようにしてください。ローカルドライブを選択してください。
もう少し詳しい状況が分かりましたら、何かヒントになる情報が返信できるのだと思いますので、よろしくお願いいたします。
もし、公開された状態だと詳しく書けないのであれば、
https://anilasoft.jp/support/contact/
お問い合わせから書き込んでいただければ、続きはメールでのやり取りとすることもできます。