ver 1.5 の環境設定をはじめて ver 1.6 で開いた場合にこのような文面のメッセージが表示されます。このメッセージが表示された場合には、ver 1.5 の環境設定を読み込み、 AniLaPaint の終了時にver 1.6 の環境設定が保存されます。ただしその場合でも、過去の ver 1.5 のセクションも保持されたままです。つまり ver 1.5 にバージョンダウンした場合にも一応過去の環境設定を読み出せるようになっています。
ver 1.5 / ver 1.6 の両方で開いたことがある環境設定の場合で、最後に ver 1.5 で開いた場合にこのような文面のメッセージが表示されます。このメッセージが表示された場合には、直前に開いた ver 1.5 で保存した環境設定は使いません。以前に ver 1.6 で保存した環境設定の方を使います。つまり一旦上の 1. の項目のメッセージで「はい」を選んで ver 1.6 に変換した後は、ver 1.5 と ver 1.6 の設定は完全に排他的にしか読み書きできないようになっています。