対処法：
１）myapp.h に次のメンバを追加

QSet savedNcCreateHWnd_;

２）myapp.cpp の MyApp::winEventFilter 内の switch 文に以下のコードを追加。

    case WM_NCCREATE:
        qDebug() << "   WM_NCCREATE\tHWND =" << message->hwnd
                 << "\twParam(not used)"
                 << "\tlParam(CREATESTRUCT pointer) =" << (void *)message->lParam;

        savedNcCreateHWnd_.insert(static_cast<WId>(message->hwnd));
        return false;

    case WM_SHOWWINDOW:
        if (!savedNcCreateHWnd_.isEmpty()){
            WId id = static_cast<WId>(message->hwnd);
            if (savedNcCreateHWnd_.contains(id)){
                savedNcCreateHWnd_.remove(id);
                DefWindowProc(message->hwnd, WM_NCACTIVATE, TRUE, -1);
            }
        }
        return false;

    case WM_NCDESTROY:
        if (!savedNcCreateHWnd_.isEmpty()){
            WId id = static_cast<WId>(message->hwnd);
            if (savedNcCreateHWnd_.contains(id))
                savedNcCreateHWnd_.remove(id);
        }
        return false;

これで解決できるはずです。

最初は分かる人にだけ使えるように隠し設定的な扱いにするつもりです。
そうでないと、PhotoShop でシェイプ等を追加してしまい、AniLa に戻ったら開けないという類の苦情が来ると思うので。

>・バッチビルド（色の境界も実線もすべて二値）
>・エクスポート（ｐｓｄで。透明部分は白で出す）

そういった使い方があったのか！！…と、今はじめて知りました。
その使い方は、実線も彩色画像も２値にしなきゃ意味が無いので、かなりの強者設定ですよね…。

確かに、今の AniLa では、髪の毛グラデなども出来ませんし、PhotoShop で引き継いで作業するには、２値の方が良いというわけですね。参考になります。

ますます、実線画像無しをデフォにしたくなってきた。

>大量に動画を手早く塗るのにアニラが大活躍です。

そのために作っただけのシロモノです…。
今後も…。

他のソフトと連携させることでしか存在価値が無いソフトですから、そこへどうデータを加工して持っていくかを中心に考えて仕様を変更して行きたいと思います。

色々と参考になりました。
これからも宜しくお願いします。